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 5代武田長兵衞氏(武田和敬翁)は、1923年9月、関東大震災により東京で貴重な典籍が灰燼に帰したことを大いに痛嘆し、日本・中国の本草医書の散逸を防ぐことが、将来、社会・学界のために極めて有意義であると考え、早川佐七氏蔵書、藤浪剛一氏蔵書などを、機会に応じ私財をもって購入し、後に「杏雨書屋」と呼ばれる文庫を形成した。ちなみに杏雨とは杏林(医学)を潤す雨の意である。
 この杏雨書屋は6代武田長兵衞氏に引き継がれ、歳月とともにその内容も増大したが、1977年当財団へ寄付を受けたので、1978年4月28日「杏雨書屋」の名称を継承し、本草医書を中心とする図書資料館として開館するに至った。
 本館では資料の永久保存を図るとともに、研究者の利用に供し、春秋年2回の特別展示会の開催、研究講演会の開催、所蔵図書関係の出版等の事業活動を行っている。
 
[国 宝] [その他の主な収蔵品]
 説文解字木部残巻  
1巻
宋版 外台秘要方残巻
 毛詩正義     
17冊
宋版 本草衍義
 史記集解     
11冊
宋版 備全総効方
[重要文化財] 金版 證類大観本草
 薬種抄       
2巻
元版 聖済総録残巻
 香要抄       
2巻
金陵本 本草綱目残巻
 穀類抄       
1巻
古写本 新修本草残巻
 香字抄      
1巻
古写本 宝要抄
 古文孝経      
1巻
古写本 異本病草紙
 春秋経伝集解    
4巻
自筆稿本 啓迪集
 遍照発揮性霊集   
7巻
自筆稿本 全九集
 聖徳太子伝暦    
4冊
 春 記      
3巻
 実躬卿記
51巻
 黄帝内経太素
2巻
 日本の椿(津山 尚 編著) (1969年 1月)
 杏雨書屋蔵書目録 (1982年 6月)
 新修恭仁山荘善本書影 (1985年 5月)
 本草書の研究(渡辺幸三 著) (1987年11月)
 杏雨書屋図録 (1998年 4月)
 本草学研究(森 鹿三 著) (1999年11月)
 新修本草 巻十五(影印本) (2000年10月)
 宝要抄(影印本) (2002年2月)
 像食物本草(影印本) (2003年2月)
 重要文化財 穀類抄(影印本) (2004年3月)
 生薬・薬用植物語源集成
 (内林 政夫 著)
(2004年4月)
 備急総効方 (2005年3月)
 本草綱目記聞T〜W(原色 翻字本)
 (水谷豊文 著)
(2005年12月〜2008年3月)
 杏雨書屋洋書目録

(2006年1月)

 杏雨書屋所蔵書簡集T

(2006年3月)

 重要文化財 香字抄(影印本)

(2007年3月)

 黄帝内経太素(影印本)

(2007年4月)

 重要文化財 香要抄T(影印本)

(2008年3月)

 杏雨書屋所蔵 医家肖像集

(2008年6月)

[定期刊行物]  
 紀要「杏 雨」1〜11号、増刊号 (1998年4月創刊  毎年4月発行)