財団法人武田科学振興財団は、「科学技術の研究を助成振興し、科学技術思想の普及を図り、もって我が国の科学技術及び文化の向上発展に寄与する」ことを目的とし、武田薬品工業株式会社からの寄附を基金として1963 年に設立された。

当財団は、五代武田長兵衞氏の発意を受けて、1954 年六代武田長兵衞氏により始められた「武田医学賞」褒賞事業の継承に加え、科学技術に関係のある研究機関及び研究者に対する奨励金の贈呈、外国人留学者に対する研究の助成を主な事業としてきた。

その後1978 年に、図書資料館として「杏雨書屋」を開設し、武田薬品工業株式会社並びに武田家から寄贈された国宝、重要文化財を含む本草医書等の資料の永久保存と、研究者への利用の便を図る事業も併せ行うようになった。

1980 年、武田彰郎氏（当時武田薬品工業株式会社副社長）の遺志による同社株式の寄贈を受けたことにより、財団の財政基盤は一層強化され、1982年より国際シンポジウム事業を開始した。 1999年に、現在の財政基盤の源となっている武田薬品工業株式会社株式の寄贈者である武田彰郎氏の遺徳に報いるため、財団設立35 周年を記念して「報彰基金」を創設し、期間を10年と定め、研究助成を行った。

2008年、報彰基金に代って、医学系研究者を対象に「武田報彰医学研究助成」を新設した。

2010年、当財団は公益財団法人となった。