五代武田長兵衞氏(武田和敬翁)は、1923年9月、関東大震災により東京で貴重な典籍が灰燼に帰したことを大いに痛嘆し、日本･中国の本草医書の散逸を防ぐことが、将来、社会・学界のために極めて有意義であると考え、早川佐七氏蔵書、藤浪剛一氏蔵書などを、機会に応じ私財をもって購入し、後に｢杏雨書屋｣と呼ばれる文庫を形成しました。ちなみに杏雨とは杏林(医学)を潤す雨の意です。
この杏雨書屋は六代武田長兵衞氏に引き継がれ、歳月とともにその内容も増大しましたが、1977年当財団へ寄付を受けたので、1978年4月28日｢杏雨書屋｣の名称を継承し、本草医書を中心とする図書資料館として開館するに至りました。

本館では資料の永久保存を図るとともに、研究者の利用に供し、春秋
年2回の特別展示会の開催、研究講演会の開催、所蔵図書関係の出版等の事業活動を行っています。