研究助成
2023年度 医学系研究助成（がん領域（臨床））
ナノポアシーケンサーを用いた肉腫に対する統合病理診断―どこでも、だれでも、どんな組織型でも―
| 研究題目 | ナノポアシーケンサーを用いた肉腫に対する統合病理診断―どこでも、だれでも、どんな組織型でも― |
|---|---|
| 年度/助成プログラム | 2023年度 医学系研究助成（がん領域（臨床）） |
| 所属 | 千葉県がんセンター 臨床病理部 |
| 氏名 | 牧瀬 尚大 |
| キーワード | 肉腫 / ナノポア / 融合遺伝子 / メチル化 / 遺伝子増幅 |
| 研究結果概要 | 申請者はナノポアシーケンサーによるDNA解析の手法、Nano-RAPID法を確立した。肉腫診断に重要な遺伝子、CpG領域を抽出し標的領域を確立した。新鮮凍結検体から抽出したDNAを断片化、ライブラリ作成しシーケンシングを行った。得られたデータをQDNAseq, SVIM, Clairs-TO, modkitなどのツールを用いてコピー数、融合遺伝子、変異、メチル化を一度のrunで全て解析することで統合病理診断が可能となった。 実際に本手法を用いて、転移性皮膚線維腫におけるCD63::PRKCD融合遺伝子、動脈瘤様骨嚢腫におけるPAFAH1B1::USP6融合遺伝子、関節内発生の粘液型脂肪肉腫におけるEWSR1::DDIT3融合遺伝子、乳房血管肉腫におけるMYC遺伝子増幅、下顎骨発生骨芽細胞腫におけるFOS::FN1融合遺伝子、MUC4陽性線維芽細胞腫におけるAPC遺伝子欠失などを同定した。また、同時に行ったメチル化解析もこれらの腫瘍の診断を補助した。 |
| 公表論文 |
1. Makise N, et al. Nanopore DNA Sequencing Detected Chromothripsis-Induced PAFAH1B1::USP6 Rearrangement in Periosteal Solid Aneurysmal Bone Cyst Initially Diagnosed as Osteosarcoma. Genes Chromosomes Cancer. 2024 Jul;63(7):e23254. 2. Makise N, et al. Fluorescence in situ hybridization-negative intra-articular myxoid liposarcoma with complex rearrangements involving EWSR1::DDIT3 detected using nanopore sequencing. Pathol Int. 2024 Oct;74(10):604-610. 3. Makise N, et al. Sporadic Breast Angiosarcoma With MYC Amplification on Extrachromosomal Circular DNA Detected Using Nanopore Sequencing in an Adolescent Female. Genes Chromosomes Cancer. 2024 Nov;63(11):e70004. 4. Makise N, et al. Selective MYC 5' amplification in postirradiation/lymphedema-associated angiosarcoma. Virchows Arch. 2026 Jan 26. 5. Makise N, et al. HMGA2 expression in CIC-rearranged sarcoma and other small round/epithelioid cell tumours. Histopathology. 2026 Mar 10. |